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    用化學藥品(如硫酸銅和其他除藻劑)控制藻類可能是最古老原始的方法，化學藥品可快速殺死藻類，常用的水處理藥劑包括：無機類聚合氯化鋁，聚合硫酸鐵，有機類聚丙烯酰胺等，化學試劑計量不好掌握，若長期使用低濃度的化學藥物會使藻類產生抗藥性，因此，不適宜在景觀水體中廣泛使用，只能作為應急措施。


    作為營養(yǎng)鹽控制的一種替代技術，生物調控(是通過重建生物群落以得到一個有利的響應，常用于減少藻類生物量，保持水質清澈并提高生物多樣性。主要是采用魚類種群的下行調控。如增加食魚性魚類或減少食浮游動物或食底棲魚類，以保證有充分的浮游動物等來控制藻類;也有直接利用“食藻魚”控制藍藻水華。生物調控較典型的是用于小而淺的、相對封閉的湖泊系統(tǒng)，在淺水湖泊由于生物分布垂直空間差異較小，因而在一定時間內對某些浮游植物控制效果較好。生物調控在歐洲得到深入研究和廣泛應用，但是由于研究區(qū)域、研究對象以及研究范圍的不同，往往難得到一致的結論與結果。因此，生物調控作為管理工具的有效性仍存在很大的爭議。許多成功的實例往往是短期的，也面臨著一系列的挑戰(zhàn)。

    控制水體營養(yǎng)鹽濃度是傳統(tǒng)的富營養(yǎng)化防治措施，它基于限制因子原理，以實驗室藻類生長瓶法測定結果為依據，對于外源性污染采取截污、污水改道、污水除磷，對于內源性污染采取了清淤挖泥、營養(yǎng)鹽鈍化、底層暴氣、稀釋沖刷、調節(jié)湖水氮磷比、覆蓋底部沉積物及絮凝沉降等一系列措施。不少通過控制氮和磷來防治富營養(yǎng)化的實踐并沒有取得理想的成功結果，但是，這只能說明不能僅僅靠控制營養(yǎng)鹽來防治湖泊富營養(yǎng)化，也并不意味著不需要控制營養(yǎng)。